木棉纱与纯棉纱在性能上有以下差异：
吸水性：木棉纱的吸水性优于纯棉纱。木棉纤维结构多孔，吸水速度快，吸水率高，且吸水后纤维不变形，适合用于制作吸水性要求高的产品。
透气性：木棉纱的透气性略优于纯棉纱。木棉纤维细长，纤维间空隙较大，透气性好，穿着舒适。
保暖性：木棉纱的保暖性略高于纯棉纱。木棉纤维具有很好的保温性能，适合用于冬季服装和床上用品。
手感：木棉纱的手感比纯棉纱略粗糙，但柔软舒适。木棉纤维较粗，但纤维表面光滑，穿着过程中摩擦力小。
弹性：木棉纱的弹性略低于纯棉纱。木棉纤维较硬，弹性较差，但具有良好的恢复性能。
抗皱性：木棉纱的抗皱性略优于纯棉纱。木棉纤维结构稳定，不易起皱。
抗菌性：木棉纱具有一定的抗菌性，比纯棉纱更耐久。
耐磨损性：木棉纱的耐磨损性略低于纯棉纱。木棉纤维较硬，耐磨性较差。
染色性：木棉纱的染色性略差于纯棉纱。木棉纤维较粗，染色效果不如纯棉纱。
成本：木棉纱的成本高于纯棉纱。木棉纤维产量较低，生产成本较高。
总体来说，木棉纱在吸水性、透气性、保暖性、抗菌性等方面优于纯棉纱，但在弹性、耐磨损性、染色性等方面略逊于纯棉纱。消费者在选择时可根据自己的需求和喜好进行选择。